Выключить в настройках Skype автоматическое обновление недостаточно. Скайп всё равно будет проверять наличие обновления и предлагать обновиться до последней версии.

Чтобы отключить эти надоедливые сообщения нужно сделать следующее:

1) Закрыть программу.
2) Прописать в файле hosts (C:\WINDOWS\system32\drivers\etc) 127.0.0.1 download.skype.com
3) В папке для временных файлов (C:\Users\%USERNAME%\AppData\Local\Temp) создать пустой файл (например текстовый) с именем SkypeSetup.exe предварительно удалив уже имеющийся.

После проделанных манипуляций Skype перестанет предлагать обновиться.

Скачать последнюю версию Cкайп без «пузырькового» интерфейса чата: Skype 6.21.0.104